밸류체인 플랫폼의 저평가 스크리너를 순서대로 뜯어보는 연재, 781~790번 구간입니다. 786위 마크로젠(038290). 기준일 2026-08-28, 스크리너 점수 47.8점 — 저평가 컷(67.2점)에 19.4점 모자란 '적정' 판정입니다. 가치함정 경고 깃발(red)가 떠 있습니다. 국내 점유율 절반을 쥔 회사가 본업으로 못 버는 자리를 봅니다.
국내에서는 압도적이다
마크로젠은 유전자를 읽어 주는 회사다. 대학과 병원과 정부기관이 시료를 보내면 염기서열을 분석해 돌려준다.
2026년 상반기 매출 962.96억원 가운데 염기서열 분석이 88.2%다. 수출이 59.2%로 국내보다 크고, 고객 명단에 서울대와 국립암센터, 미국 국립보건원과 존스홉킨스대학이 올라 있다.
국내 위치는 확고하다. 회사는 국내 유전자 분석 서비스 시장의 50% 이상을 차지한다고 밝히고 있다. 별도 기준 2025년 매출 1,096억원으로 2위 회사 356억원의 3.1배다. 유전자 편집 마우스는 국내에서 유일하게 상업 서비스를 한다.
가장 큰 계약은 국가 사업이다. 통합 바이오 빅데이터 구축에서 이 회사 몫이 175.5억원이고 계약이 2026년 12월 15일에 끝난다. 계약부채 잔액이 505.1억원으로 반기 매출의 절반을 넘는다.
연도별 실적 (단위: 억원)
| 연도 | 매출 | 영업이익 | 순이익 |
|---|
| 2022 | 1,386 | 53 | -223 |
| 2023 | 1,328 | -4 | -168 |
| 2024 | 1,358 | -62 | -76 |
| 2025 | 1,953 | 2 | 20 |
상반기 매출 962.96억원(+7.1%)에 영업이익 1.89억원이다. 영업이익률 0.20%다. 2025년 연간으로도 매출 1,952.7억원에 영업이익 1.81억원, 영업이익률 0.09%였다.
시가총액 1,392억원, PER 36.5배·PBR 0.89배·ROE 2.4%(플랫폼 산식, TTM). 피어(제약/바이오, 72개) PER 중앙값은 13.44배다. PBR 0.89배다. 가치함정 깃발은 red다.
왜 스크리너 786위인가
원점수는 28.5점이고, 전 종목을 한 줄로 세운 순위 기반 정규분포(평균 50·표준편차 15)로 옮기면 49.8점이 된다. 여기에 산업 순환매 -5.0(제약/바이오 업종 6개월 수익률 -31.6%, 하위 밴드)와 저변동성 +3.0(12개월 변동성 10.2%, 전 종목 하위 25.2%)이 얹혀 최종 47.8점이다. 저평가 컷 67.2점에 19.4점 모자란다. 주가는 최근 1개월 +18.3%, 3개월 -1.2%, 6개월 -34.2%, 연초 이후 -23.9%다. 52주 밴드에서는 23% 지점에 있다.
해외 법인이 국내 이익을 태운다
본업이 이익을 못 내는 이유는 연결과 별도를 갈라 보면 나온다. 2025년 별도 영업이익이 67.7억원인데 연결은 1.8억원이다.
차이는 해외다. 미국 자회사가 2025년 9.4억원, 유럽이 15.6억원, 싱가포르가 13.0억원, 일본이 8.6억원 순손실을 냈다. 합치면 약 46.6억원이다. 국내에서 번 돈이 해외 거점 유지에 쓰인다.
상반기 흑자도 본업이 만든 것이 아니다. 영업이익 1.89억원인데 순이익이 34.7억원이다. 기타이익 86.6억원이 그 사이에 있고 대부분 2분기에 몰렸다. 보유하던 상장사 지분 전량 처분과 토지 처분이 같은 반기에 있었다.
재무도 무거워졌다. 총차입금 989.3억원에 현금과 단기금융상품 634.6억원으로 순차입금이 약 355억원이다. 부채비율이 104%에서 116%가 됐다. 397억원짜리 송도 센터 투자는 1월에 준공했는데 차입은 남았다.
이익보다 큰 배당
그런데 배당은 늘렸다. 2025년분 주당 500원, 총 54.2억원이다. 전년 32.5억원보다 66.7% 많다.
문제는 분모다. 같은 해 연결 지배주주 순이익이 20.3억원이다. 현금배당성향이 267%다. 2024년에는 적자였는데도 배당했다. 회사는 조세특례제한법상 고배당기업 요건을 근거로 들었다.
자기주식은 0주다. 최대주주인 창업자가 17.49%, 특수관계인 합계 20.13%로 지배력이 얇은 편이고, 그 지분 가운데 843,500주, 발행주식의 7.78%가 은행 주식담보대출 담보로 잡혀 있다. 창업자 본인 보유분의 40.9%다. 2025년 9월부터 2026년 6월까지 낸 대량보유보고 아홉 건이 전부 담보계약 변경 사유다.
3월에는 각자대표를 두 명에서 세 명으로 늘렸다.
종합
확인할 것은 셋이다. 2026년 12월 15일에 끝나는 국가 사업 뒤의 매출 공백을 무엇으로 메우는지, 네 곳에서 나는 해외 법인 적자가 줄어드는지, 그리고 순이익의 2.7배를 내보내는 배당이 지속되는지다.
매출 1,953억원에 영업이익 1.8억원인 회사가 배당으로 54억원을 낸다. 25년 동안 쌓은 국내 점유율이 해외 확장의 연료로 쓰이는 중이고, 상반기 흑자마저 땅과 지분을 판 돈이었다.
이 글은 밸류체인 플랫폼의 스크리너 판정과 공개 자료를 바탕으로 한 분석이며, 특정 종목의 매수·매도 권유가 아닙니다. 투자 판단과 책임은 투자자 본인에게 있습니다. 판정 근거와 실시간 수치는 플랫폼 기업 페이지에서 확인할 수 있습니다.
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