밸류체인 플랫폼의 저평가 스크리너를 순서대로 뜯어보는 연재, 561~570번 구간입니다. 562번 시너지이노베이션(048870). 기준일 2026-08-28, 스크리너 점수 55.2점 — 저평가 컷(67.2점)에 12.0점 모자란 '적정' 판정입니다. 이 구간은 저평가가 아니라 적정 판정 종목만 모여 있고, 밸류에이션이 아니라 사업의 실체가 이 글의 중심입니다.
간판은 배양배지, 실체는 상상인그룹의 바이오·의료기기 지주회사
시너지이노베이션은 1998년 설립, 2004년 코스닥에 상장된 미생물 배양배지 제조업체다. 2017년 지금의 사명으로 바꾸며 상상인그룹 계열로 편입됐고, 이후 인수·설립을 거듭하며 종속회사 5곳을 거느린 구조로 바뀌었다. 플랫폼은 업종을 '제약/바이오'로 분류하지만, 실체를 보면 이 회사 자체가 신약이나 진단키트를 파는 곳이 아니라 배양배지 제조를 본업으로 두고, 코스닥 상장 자회사 엠아이텍(스텐트 등 의료기기, 지분 53.09%)·메디카코리아(의료기기 유통)·노비스바이오(건기식 OEM·ODM)·뉴로바이오젠(뇌질환 신약)을 거느린 지주회사형 구조다. 여기에 2016년부터 2차전지 장비업체 디에스케이(DSK, 코스닥 109740)의 최대주주였고 — 지금은 매각을 추진 중이다. 상상인·상상인저축은행·상상인증권 등 금융 계열사와 나란히 그룹 행사에 참여하는 위치가, 이 회사가 상상인그룹의 '바이오·의료기기 축'으로 기능한다는 사실을 보여준다. '제약/바이오'라는 분류표는 이 회사의 사업 하나를 가리킬 뿐, 지분 구조 전체를 설명하지 못한다.
| 연도 | 매출(억원) | 영업이익(억원) | 순이익(억원) |
|---|
| 2022 | 865 | 229 | 161 |
| 2023 | 832 | 150 | 23 |
| 2024 | 906 | 161 | 104 |
| 2025 | 1,131 | 192 | 30 |
2025년 매출은 전년 대비 24.8% 늘며 연결 실체가 커졌지만, 영업이익률은 2022년 26.5%에서 2025년 17.0%로 계속 낮아졌다 — 자회사 연결 편입으로 매출 볼륨은 커졌는데 이익의 질은 옅어진 그림이다. 더 눈에 띄는 건 순이익이다. 2023년(영업이익 150억·순이익 23억)과 2025년(영업이익 192억·순이익 30억) 모두 영업이익 대비 순이익이 5~6분의 1 수준으로 꺾인다. 이 회사는 2021년에도 전환사채(CB) 파생금융부채 평가손실 212억원을 한 해에 인식한 이력이 있다 — 주가가 오르면 CB의 전환권 가치가 커지면서 회계상 평가손실이 잡히는 구조다. 2023·2025년의 이익 괴리가 같은 성격(CB 평가손실)인지, DSK 관련 손익·소수주주지분 배분 때문인지는 공개된 요약 공시만으로는 확인되지 않는다. 다만 이 회사에서 영업이익과 순이익 사이의 큰 괴리가 반복돼 왔다는 사실 자체는 분명하다. 시가총액 1,478억원, PER 24.4배·PBR 0.70배·ROE 2.9%(TTM, 플랫폼 산식). PBR은 1배 아래지만 PER은 제약/바이오 피어 중앙값(13.44배, 72개사)의 1.8배에 이른다 — 저PBR과 저PER이 함께 오는 종목이 아니라는 뜻이다.
왜 스크리너 562위인가
원점수는 42.7로 전 종목 중 하위권이었고, 이를 순위 기반 정규분포(평균 50·표준편차 15)로 옮기면 55.2점이 된다. 여기에 산업(제약/바이오) 6개월 수익률이 하위 밴드(-31.6%)라 순환매 -5.0점이 깎이고, 반대로 저변동성 +5.0점이 붙어 두 조정이 서로 상쇄되며 최종 점수는 정규화 값 그대로 55.2점이다. 이 구간의 다른 종목들과 달리 가점이 순위를 밀어 올린 자리가 아니라, 원래 순위가 낮았고 조정도 서로 지운 자리라는 점이 정직한 서술이다. 가치함정 판정은 green(0점) — 최근 급락에 값싸 보이는 착시가 낀 흔적은 없다는 뜻이지, 저평가 신호는 아니다.
신사업·성장 동력
① 배양배지 본업 강화. 2026년 3월 'KOREA LAB 2026'에 참가해 미생물 검사 솔루션을 공개했고, 회사는 "배양배지 사업을 기반으로 연구개발과 투자를 지속해 경쟁력을 강화하겠다"고 밝혔다. 제네릭·개량신약·신약·의료기기 등으로 사업을 확장하겠다는 방향도 제시했지만, 구체적인 매출 목표나 투자 금액은 확인되지 않는다.
② DSK 매각 — 자금 확보인가, 발목잡힘인가. 2025년 8월 자회사 디에스케이(2차전지 제조장비) 경영권을 윤진파트너스 외 5인에 넘기는 계약을 체결했다(지분 25.4%, 약 450억원대). 명분은 "경영 효율성 제고 및 재무구조 개선"이다. 그런데 이 거래가 1년 넘게 표류 중이다. 매수자 측 자금 조달이 여러 차례 흔들리며 잔금 지급일이 4번 이상 연기됐고, 2026년 3월엔 잔금 449억원 미지급이 공시됐다. 가장 최근(2026년 8월) 소식은 잔금 지급일을 9월 9일로 다시 미루고, 잔금 규모를 666억4,636만원으로 늘린 것이다. 인수자 측이 실제 관심을 둔 건 DSK 자체보다 DSK의 자회사(시너지이노베이션 입장에선 증손회사)인 보툴리눔톡신 개발사 프로톡스(지분 67.3%)라는 분석도 나온다. 거래가 9월에 실제로 마무리될지는 이 글 작성 시점에 확인되지 않는다. 마무리되면 재무구조 개선 자금이 들어오지만, 다시 연기되거나 무산되면 표류가 이어진다.
③ 자사주·CB 관리. 2026년 6월 2023년 12월 발행 제14회차 전환사채 중 콜옵션으로 취득한 물량 45.5억원어치를 전량 소각했다. 회사는 "오버행 우려 차단·주주가치 제고"를 이유로 들었다. 잠재 물량을 줄이는 조치 자체는 방향이 맞지만, 이 회사가 CB를 반복적으로 발행·관리해 온 이력(2021년 212억 평가손실 포함)을 함께 보면 자본조달 구조 자체가 주가·이익 변동성의 한 축이라는 점도 짚어야 한다.
리스크
가장 큰 리스크는 지배구조의 복잡함이다. 상장 계열사만 시너지이노베이션-엠아이텍-DSK(매각 중)로 세 겹이고, 비상장 자회사가 다시 여럿이다. 각 층위의 실적·손익이 연결 재무제표에 다른 방식으로 반영되므로, 겉으로 보이는 매출·이익 성장이 어느 사업에서 왔는지 투자자가 가려내기 어렵다. 둘째, 상상인그룹 자체의 리스크가 전이될 수 있다. 2026년 6월 상상인저축은행을 KBI그룹에 매각하는 계약에서, 매도인 측의 사후 손해배상 의무를 담보하기 위해 시너지이노베이션 주식 등에 1순위 담보권이 설정됐다는 보도가 있다 — 계열사 매각·법적 분쟁이 이 회사 지분에 직접 얽혀 있다는 뜻이다. 셋째, 이 종목은 코로나19 진단·건강기능식품·비만치료제 등 여러 테마 바스켓에 반복적으로 이름을 올리며 20~30개 종목과 동반 등락하는 흐름이 뉴스에서 자주 확인된다 — 회사 자체의 펀더멘털보다 테마 수급에 주가가 흔들릴 여지가 크다는 뜻이다. 넷째, 영업이익률이 4년 연속 낮아지고 있고 ROE 2.9%로 자본 대비 벌어들이는 이익이 얇다.
종합
시너지이노베이션은 "싸서 여기 있는 게 아니다." 정규화 점수부터 컷에 12점 못 미치고, 저PBR 뒤에 있는 PER은 피어보다 오히려 비싸다. 이 회사를 이해하려면 배양배지라는 본업보다 상상인그룹 안에서 엠아이텍·메디카코리아·노비스바이오·뉴로바이오젠을 거느린 지주회사 역할, 그리고 아직 끝나지 않은 DSK 매각을 먼저 봐야 한다. 확인할 것은 셋이다. ① 9월 9일로 재조정된 DSK 매각 잔금이 실제로 납입되는지, ② 2023·2025년에 반복된 영업이익-순이익 괴리의 정확한 항목(CB 평가손익인지 다른 일회성인지), ③ 엠아이텍 등 상장 자회사 지분가치가 시너지이노베이션 주가에 얼마나 반영돼 있는지다. 셋 다 공개 자료만으로는 명확히 확인되지 않는다.
이 글은 밸류체인 플랫폼의 스크리너 판정과 공개 자료를 바탕으로 한 분석이며, 특정 종목의 매수·매도 권유가 아닙니다. 투자 판단과 책임은 투자자 본인에게 있습니다. 판정 근거와 실시간 수치는 플랫폼 기업 페이지에서 확인할 수 있습니다.
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