밸류체인 플랫폼의 저평가 스크리너를 순서대로 뜯어보는 연재, 501~510번 구간입니다. 508위 종근당(185750). 기준일 2026-08-28, 스크리너 점수 56.7점 — 저평가 컷(67.2점)에 10.5점 모자란 '적정' 판정입니다. 가치함정 주의 깃발(yellow)이 떠 있어 이 글에서 따로 해부합니다.
자체 신약으로 노바티스에 1조7,000억을 팔았는데, 몸집은 도입약이 키우는 회사
종근당은 국내 상위 5대 제약사 중 하나로 매출 2조원 문턱에 섰다. 지주사 종근당홀딩스가 지분 33.7%를 쥔 최대주주다(종근당홀딩스는 155번 글에서 다뤘으니 이 글은 사업회사 본체에 집중한다). 2023년 11월 자체 신약 후보 CKD-510을 노바티스에 총 13억500만달러(약 1조7,301억원)에 기술수출한, 전통 제약사 중에서도 드문 성과가 있다. 동시에 위고비 같은 도입상품이 외형 성장의 절반 넘게를 떠받치며 이익률을 눌러 앉히는 구조도 함께 있다. 두 이야기가 반대 방향으로 당기는 게 이 종목의 핵심이다.
| 연도 | 매출(억원) | 영업이익(억원) | 순이익(억원) |
|---|
| 2022 | 14,883 | 1,099 | 810 |
| 2023 | 16,694 | 2,466 | 2,125 |
| 2024 | 15,864 | 995 | 1,091 |
| 2025 | 16,924 | 806 | 775 |
2023년 영업이익률이 14.8%로 튀어 오른 뒤(2022년 7.4%) 2024년 6.3%, 2025년 4.8%로 2년 연속 꺾였다. 2023년 11월은 노바티스로부터 계약금 8,000만달러(약 1,061억원)를 수령한 시점과 겹친다 — 회계 처리는 공시로 확인되지 않지만, 시점상 2023년 이익 급등은 일회성 계약금 효과일 가능성이 크다. 그 효과가 빠진 2024~2025년 감소는 별개 문제 — 도입상품 비중 확대다. 시가총액 9,455억원(주가 68,500원) 기준 PER 12.0배·PBR 0.94배·ROE 7.8%(플랫폼 산식, TTM)로 피어 PER 중앙값(13.67배, 72개사)보다 낮지만, 확실한 저평가로 부르기엔 어중간하다.
왜 스크리너 508위인가
원점수(raw) 47.0은 전 종목 순위로 하위권이었고, 정규화하면 56.7점이다(평균 50·표준편차 15 눈금 — 컷 67.2도 이 눈금). 소속 산업(제약/바이오)의 6개월 수익률이 -31.6%로 밴드 하위에 들며 순환매 감점(-5.0)이 붙었고, 주가 변동폭이 좁아 저변동성 가점(+5.0)이 거의 그대로 상쇄해 최종 56.7점 — 컷에서 10.5점 부족하다. 감점이 순위를 끌어내린 게 아니라 원점수 자체가 판정선에 한참 못 미치는 유형으로, 밸류에이션이 아니라 순위 자체가 하위권이라는 뜻이다.
신사업·성장 동력
① CKD-510. 원래 희귀질환 CMT 치료제로 임상 1상을 마쳤으나, 기술수출 이후 노바티스가 심방세동(최대 90조원 시장 거론) 쪽으로 방향을 틀어 현재 임상 2상 중이다(노바티스 코드명 PKN605). 2025년 5월 IND 마일스톤 500만달러(약 69억원)를 추가 수령해 누적 수취액은 약 1,130억원, 남은 마일스톤은 약 1조6,172억원이다. 다만 개발 속도와 방향은 전적으로 노바티스가 쥐고 있어 종근당이 통제할 변수가 아니다. 494번 유한양행 글(렉라자)이 임상 성공에 따른 지속적 마일스톤 유입을 다뤘다면, 종근당은 반대편에 가깝다 — 계약금 효과가 빠지자 이익이 먼저 꺼졌다.
② 위고비 중심 도입상품 확대. 2026년 상반기 매출 9,262억원 중 도입상품 매출이 4,948억원(53.4%, 전년 47.9%에서 5.5%포인트 상승)이다. 노보 노디스크 위고비 상반기 매출이 934억원으로 전년(92억원) 대비 크게 늘었지만, 이 성장은 저마진 유통 성격이라 2026년 상반기 영업이익은 326억원으로 전년(360억원)보다 오히려 줄었다. "2조 매출 문턱인데 이익은 준다"는 구조다.
③ 배곧 R&D 단지. 경기 시흥 배곧지구 7만9,791㎡ 부지에 총 2조2,000억원을 투입하는 복합 연구단지를 추진 중이며 토지 매입에 948억원을 이미 집행했다. 현재 시가총액(9,455억원)의 두 배가 넘는 장기 프로젝트로, 조달도 장기자금 중심으로 재편 중이다(수출입은행 대출 만기 2029년 5월 연장). 실행 속도와 자금 계획 세부는 확인되지 않는다.
④ 승계 마무리. 2026년 8월 28일 이장한 회장이 종근당 지분 9.55% 전량을 세 자녀에게 증여했고, 장남 이주원 상무(39)가 지분 5.32%로 최대주주가 됐다. 지배구조 정점인 종근당홀딩스 지분(33.7%)은 회장이 그대로 보유한다.
가치함정(yellow) 해부 — PER 12.0배가 가리는 것
PER 12.0배·PBR 0.94배는 표면적으로 흔한 저평가 후보의 숫자다. 그런데 그 숫자를 만든 이익의 성격을 보면 얘기가 달라진다. 2023년 이익 급등이 일회성 계약금 효과였을 가능성을 걷어내면, 영업이익률은 2022년 7.4%에서 2025년 4.8%까지 꾸준히 내려온 그림이다. 이 하락은 우연이 아니라 도입상품 비중 확대(47.9%→53.4%)가 밀어붙이는 구조적 결과다. 주가는 6개월 -26.7%·연초 대비 -17.4%로 이미 상당폭 빠져, 시장이 이 마진 압박을 어느 정도 반영한 것으로 보인다. 낮은 PER·PBR만 보고 "싸다"고 단정하면 그 반영분을 다시 세는 셈이다 — 가치함정 깃발은 표면 밸류에이션과 이익의 지속가능성이 어긋난다는 신호다.
리스크
가장 직접적인 변수는 펙수클루 유통 마찰이다. 종근당은 2024년 4월부터 대웅제약과 펙수클루를 3년째 공동판매해 왔는데, 2026년 8월 26일 보도에 따르면 "판매가 8월까지만 진행될 것"이라는 메시지가 유통업계·약국가에 돌고 있다(341번 대웅제약 글에서 언급한 마찰이 종근당 쪽 신호였던 셈이다). 실제 종료 여부·대체 품목은 확인되지 않는다. 프롤리아는 2026년 약가가 12만3,760원에서 10만8,290원으로 12.5% 인하됐고, 아토젯·바이토린 공동판매는 7월 31일자로 종료돼 보령이 유통을 넘겨받았다 — 도입상품 상위권 품목들이 이미 흔들리는 중이다. CKD-510은 주도권이 노바티스에 있어 임상 2상 실패 시 남은 마일스톤이 무산될 수 있고, 조직 효율화 과정의 인원 감소(-62명) 보도는 성장 둔화의 방증으로도 읽힌다.
종합
종근당은 자체 신약을 글로벌 제약사에 팔아넘긴 몇 안 되는 전통 제약사이면서, 동시에 도입상품이 이익률을 갉아먹는 이중적인 회사다. PER 12.0배·PBR 0.94배는 피어 중앙값보다 낮지만, 2년 연속 순이익 감소와 원가율 상승을 감안하면 "싸다"보다 "이익의 질에 걸맞게 낮아진 값"으로 읽는 편이 정직하다. 확인할 것은 펙수클루 공동판매 종료 여부, CKD-510 임상 2상 진행과 추가 마일스톤 시점, 배곧 2조2,000억원 투자의 구체적 조달·집행 일정이다.
이 글은 밸류체인 플랫폼의 스크리너 판정과 공개 자료를 바탕으로 한 분석이며, 특정 종목의 매수·매도 권유가 아닙니다. 투자 판단과 책임은 투자자 본인에게 있습니다. 판정 근거와 실시간 수치는 플랫폼 기업 페이지에서 확인할 수 있습니다.
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