밸류체인 플랫폼의 저평가 스크리너를 순서대로 뜯어보는 연재, 521~530번 구간입니다. 521위 제일파마홀딩스(002620). 기준일 2026-08-28, 스크리너 점수 56.2점 — 저평가 컷(67.2점)에 11.0점 모자란 '적정' 판정입니다. 가치함정 경고 깃발(red)이 떠 있어, 아래에 별도 해부 섹션을 뒀습니다.
지분표가 실체인 회사 — 온코닉 지분값 하나가 시가총액보다 크다
제일파마홀딩스는 2017년 제일약품에서 인적분할돼 세워진 순수지주회사다. 도입약 유통과 신약(자큐보)을 파는 사업은 자회사 제일약품(271980, 이 연재 468번에서 따로 다뤘다)에 있고, 이 회사(002620)는 그 제일약품 지분 49.24%를 쥔 지배구조 최상단 회사다. 자체 매출은 크지 않고, 표에 잡히는 숫자는 제일약품·제일헬스사이언스 등 계열사를 연결한 결과다. 요컨대 이 회사를 사는 것은 사업이 아니라 지분표를 사는 것에 가깝다.
| 연도 | 매출(억원) | 영업이익(억원) | 순이익(억원) |
|---|
| 2022 | 7,930 | -75 | -746 |
| 2023 | 8,040 | 209 | -162 |
| 2024 | 7,798 | -112 | -512 |
| 2025 | 6,576 | 390 | 146 |
2022~2024년 3년 연속 순손실(합계 -1,420억원)을 낸 뒤 2025년 처음 흑자전환(순이익 146억원)했다. 다만 같은 해 매출은 6,576억원으로 전년보다 15.7% 줄었는데 영업이익은 390억원으로 늘었다 — 매출과 이익이 반대로 움직인 구체적 배경(사업 재편인지 원가구조 변화인지)은 리서치로 확인되지 않는다. 시가총액 1,188억원에 PER 8.8배·PBR 0.37배·ROE 4.2%(플랫폼 산식, TTM). 제약/바이오 피어 중앙값 PER 13.67배보다 낮지만, ROE 4.2%라는 낮은 수익성 위에 선 낮은 멀티플이라 액면 그대로 '싸다'고 읽기는 이르다.
왜 스크리너 521위인가
원점수는 49.7로 전 종목 중 하위권 순위였다. 이를 정규화(평균 50·표준편차 15)하면 57.7점 — 이미 저평가 컷 67.2점에 9.5점 못 미친 자리다. 여기에 소속 산업(제약/바이오) 6개월 수익률이 하위 밴드라 순환매 -5.0점이 깎이고, 저변동성 +3.5점이 더해져 최종 56.2점이 됐다. 가감점을 합치면 순감점 -1.5점 — 즉 이 종목은 가점으로 순위를 방어한 것도, 감점에 억울하게 밀린 것도 아니다. 정규화 단계부터 이미 컷에 못 미쳤고, 가점 요소는 애초에 크지 않았다. "싸서 여기 있다"는 서사가 성립하지 않는 자리라는 뜻이다.
지주사이기에 벌어지는 일 — NAV 갭과 승계
① 자회사 지분값이 시가총액을 넘는다. 제일파마홀딩스는 제일약품(시총 1,485억원, 기준일) 지분 49.24%를 갖고 있어 지분가치는 약 731억원이다. 그런데 제일약품은 다시 코스닥 상장사 온코닉테라퓨틱스(시총 6,707억원) 지분 44.95%를 들고 있다. 두 지분율을 곱하면 제일파마홀딩스가 온코닉 한 종목에 대해 갖는 간접 지분가치만 약 1,484억원 — 제일파마홀딩스 전체 시가총액 1,188억원보다 크다. 온코닉의 위식도역류질환 신약 '자큐보'가 2026년 상반기 영업이익 74억원(전년比 +174%)을 내며 시장에서 재평가받는 동안에도, 그 재평가가 지주사 주가로는 온전히 넘어오지 않는 전형적 지주 할인 구조다.
② 3세에서 4세로 이어지는 승계. 창업주 고(故) 한원석 회장의 손자이자 한승수 회장의 장남인 한상철 대표(제일파마홀딩스·제일약품 대표이사, 온코닉테라퓨틱스 사장 겸직)가 2026년 6월과 7월 두 차례 부친 지분을 시간외매매로 사들였다. 6월 7만주(주당 7,280원, 5.1억원), 7월 8만주(주당 6,380원, 5.1억원), 총 약 10.2억원을 들여 지분율을 9.70%→10.64%로 끌어올렸다 — 2020년 이후 6년 만의 변화다. 제일약품에 근무하는 동생 한상우 전무의 지분율은 2.85%로 고정돼 있어, 형제 간 역할이 갈리며 승계 구도가 사실상 확정됐다는 평가가 나온다. 2026년 4월에는 오너 4세인 한지윤(2011년생)·한동윤(2013년생)이 특별관계자로 처음 등재됐고, 이들은 이미 제일약품 주식도 보유 중이다 — 승계 정리가 3세를 넘어 벌써 4세까지 미리 이어지고 있다.
③ 승계 재원과 정책 변수. 2025년 10월 기준 한승수 회장의 지주사 지분가치는 약 767억원, 상속세는 약 460억원으로 보도됐다. 이후 아들에게 지분 일부를 넘기며 회장 지분율은 57.80%→57.36%로 낮아졌고, 기준일(8/28) 시총으로 계산하면 회장 지분가치는 약 682억원 — 주가 하락으로 지분가치 자체는 줄었지만 승계 재원 마련은 여전히 숙제다. 게다가 2026년 8월 확인된 정부 방침은 상속·증여 재산의 상장주식 평가를 최대 6년6개월 평균 주가로 강화하는 쪽이다. 제일파마홀딩스처럼 PBR이 낮게(0.39배 안팎) 거래돼 온 지주사는 이 개편으로 평가액이 오히려 최소 30% 이상 올라갈 수 있어, 저평가 상태를 승계에 유리하게 쓰던 셈법 자체가 흔들리는 국면이다.
가치함정 경고 깃발(red) 해부
가치함정 점수 4점(red)의 핵심은 이익과 현금의 괴리다. 플랫폼 DB 기준 2025년 영업활동현금흐름은 3.9억원으로, 같은 해 순이익 146억원의 3%에도 못 미친다(-97%). 잉여현금흐름(FCF)은 -89억원으로 마이너스다. 이익은 났다고 장부에 적혀 있는데 실제 현금은 거의 들어오지 않았고, 오히려 나갔다는 뜻이다. 리스크 엔진이 이 두 항목을 모두 적신호로 잡아 가치함정 점수를 정확히 red 기준(4점)까지 채운 것으로 보인다. 지주회사 순이익은 자회사(제일약품·온코닉) 실적을 지분법 등 회계 방식으로 반영한 장부상 숫자일 가능성이 있고, 그 이익이 실제 배당으로 지주사에 현금 유입되는지는 확인되지 않는다. 2022~2024년 3년 연속 적자 이력까지 겹쳐 있어, 2025년 흑자전환이 현금 창출로 이어지는 흐름인지부터 다음 분기 재무로 확인이 필요하다.
리스크
지주 할인 구조상 자회사 밸류에이션이 좋아져도 주가에 온전히 반영되지 않을 수 있다는 점이 첫 번째다. 순이익과 현금흐름의 괴리(위 red 해부)는 배당 재원의 지속가능성에도 의문을 남긴다. 승계 재원을 마련하는 과정에서 지분 매각·차입·특별배당 같은 이벤트가 발생할 가능성이 있으나, 구체적 계획은 확인되지 않는다. 소속 업종(제약/바이오)의 최근 6개월 수익률이 하위 밴드(-31.6%)라는 점도 순환매 감점으로 이미 드러나 있듯 업황 자체가 우호적이지 않다. 무엇보다 이 회사의 밸류는 결국 온코닉의 자큐보 실적에 크게 걸려 있는 간접 구조라, 자큐보의 임상·허가·약가 관련 이벤트가 곧 지주사 가치에도 영향을 준다.
종합
제일파마홀딩스는 정규화 단계부터 저평가 컷에 못 미친 하위권 지주사이고, 가치함정 red까지 겹쳐 '싸다'는 근거가 약하다. 다만 온코닉 지분가치 하나만으로도 이미 시가총액을 넘어선다는 사실은 두 가지로 읽을 수 있다 — 저평가된 딥밸류 기회로 볼 수도, 지주 할인이 구조적으로 풀리지 않는다는 경고로 볼 수도 있다. 확인할 것은 세 가지다. ① 온코닉·자큐보의 실적 개선이 실제 배당으로 지주사에 흘러드는지, ② 승계 재원을 어떤 방식(지분매각·차입·특별배당)으로 마련하는지, ③ 2025년 흑자전환이 다음 분기에도 현금 창출로 이어지는지.
이 글은 밸류체인 플랫폼의 스크리너 판정과 공개 자료를 바탕으로 한 분석이며, 특정 종목의 매수·매도 권유가 아닙니다. 투자 판단과 책임은 투자자 본인에게 있습니다. 판정 근거와 실시간 수치는 플랫폼 기업 페이지에서 확인할 수 있습니다.
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