밸류체인 플랫폼의 저평가 스크리너를 순서대로 뜯어보는 연재, 이번 글부터 341~345번 구간입니다. 341위 대웅제약(069620). 기준일 2026-08-28, 스크리너 점수 61.6점 — 저평가 컷(67.2점)에 5.6점 모자란 '적정' 판정입니다. 가치함정 경고 깃발(red)이 떠 있어 이 글에서 별도로 해부합니다.
나보타·펙수클루·엔블로, 자체 신약 3종으로 수출기업이 된 사업회사
대웅제약은 대웅그룹의 사업회사다. 지주회사 대웅(003090)이 지분 52.29%를 쥔 최대주주이고, 매출은 전문의약품(ETC)·보툴리눔 톡신 나보타·디지털헬스케어 세 축에서 나온다. 다른 국내 제약사와 구분되는 지점은 자체 개발 신약 세 개를 함께 보유했다는 것이다 — 나보타, 위식도역류질환 치료제 펙수클루(국산 34호), 당뇨병 치료제 엔블로(국산 36호)다. 최근 이 셋이 나란히 수출로 이어지며 내수 제약사에서 수출기업으로 옮겨가는 중이다. 지주사 대웅의 나보타 미국 소송·지배구조 이야기는 이미 306번 글(대웅)에서 다뤘으므로, 이 글은 사업회사 본체 — 신약 3종의 실체와 수출, 그리고 red 깃발을 붙인 리베이트·세무조사 국면에 집중한다.
| 연도 | 매출(억원) | 영업이익(억원) | 순이익(억원) |
|---|
| 2022 | 12,801 | 958 | 422 |
| 2023 | 13,753 | 1,226 | 1,217 |
| 2024 | 14,227 | 1,479 | 247 |
| 2025 | 15,709 | 1,968 | 1,959 |
연결 매출은 4년간 12,801억→15,709억으로 23% 늘며 꾸준히 우상향했고 영업이익도 958억→1,968억으로 두 배 넘게 커졌다. 그런데 순이익은 이 흐름을 따라가지 않는다. 2023년 1,217억에서 2024년 247억으로 80% 급감했다가 2025년 1,959억으로 다시 뛰었다. 2024년은 영업이익(1,479억)이 전년(1,226억)보다 늘었는데 순이익만 유독 꺾인, 영업이익과 순이익이 반대로 움직인 해다. 정확한 원인은 공시로 확인되지 않지만, 2024년 서울지방국세청 특별세무조사 이후 400억원대 법인세를 추가로 냈다는 언론 보도가 있었다는 점은 시점이 겹친다(회사는 부인). 사실이라면 대규모 세금 추납이 그해 순이익만 깎아먹은 그림과 맞아떨어지지만, 확정된 사실은 아니다. 시가총액 14,924억원(주가 128,800원) 기준 PER 7.5배·PBR 1.48배·ROE 19.9%(플랫폼 산식, TTM)로, 제약/바이오 피어 PER 중앙값(13.7배)의 절반 수준이다. 2026년 상반기(별도, 잠정)는 매출 8,262억원(+8.4%)으로 늘었지만 영업이익 903억원(-6.5%)·순이익 454억원(-24.2%)은 되레 줄었다. 2분기만 보면 매출 4,002억원(+10.0%)·영업이익 771억원(+23.4%)·순이익 694억원(+41.9%)으로 강했다는 것은, 역산하면 1분기 순이익이 적자에 가까웠다는 뜻이다 — PER 7.5배를 그대로 믿기 전에 분기별 변동성부터 봐야 하는 이유다.
왜 스크리너 341위인가
원점수(raw) 64.9점은 전 종목 순위로는 하위권이었고, 정규화하면 63.9점으로 저평가 컷(67.2점)에 3.3점 못 미쳤다. 여기에 소속 산업(제약/바이오)의 6개월 수익률이 -31.6%로 밴드 하위에 들면서 순환매 감점(-5.0)이 붙었고, 저변동성 가점(+2.7)이 일부를 되돌렸지만 최종 61.6점으로 컷을 5.6점 밑돈다. 즉 이 종목은 애초에 밸류에이션만으로 저평가 판정을 받을 자리가 아니었고, 업종 부진까지 겹쳐 더 밀려났다. 가치함정 상태도 red(점수 5)로 뜬다 — 판정 알고리즘 스스로가 "숫자만 보고 사기엔 위험하다"는 신호를 보내는 셈이다.
신사업·성장 동력
① 나보타의 해외 확장. 2025년 나보타 매출은 2,289억원(수출 비중 84%)으로 사상 최대를 기록했고, 2026년 2분기 수출 매출만 941억원으로 분기 전체 매출의 21%를 넘었다. 국내 톡신 시장 1위를 1년 만에 탈환해 휴젤과 양강 구도를 만들었고, 미국은 파트너사 에볼루스를 통해 '주보'로, 유럽은 '누시바'로 판매한다. 2019년 아시아 최초 미국 FDA 승인 이후 누적 69개국 품목허가를 확보했다. 다만 에볼루스가 메디톡스에 지급하는 로열티(2032년까지, 연 450만달러) 구조가 대웅제약의 주보 공급 조건에 영향을 줄 수 있다고 에볼루스 스스로 미국 증권거래위원회 공시에서 밝혔다는 점은 열린 변수다.
② 펙수클루의 적응증 확대. 국산 34호 신약인 위식도역류질환 치료제 펙수클루(펙수프라잔)는 2025년 매출 982억원을 기록했고, 종근당과 3년째 공동판매 중이다. 2026년 7월 위궤양 적응증 추가를 위한 국내 임상 3상에 착수해 처방 범위를 넓히고 있다.
③ 엔블로의 중동 수출. 국산 36호 신약이자 국내 최초 SGLT2 억제제 계열 당뇨병 치료제인 엔블로(이나보글리플로진)는 중동 8개국과 수출 계약을 맺으며 해외 진출을 시작했다. 계약 규모·개시 시점 등 구체적 조건은 확인되지 않는다.
④ 디지털헬스케어. 병상 모니터링 AI '씽크', 골다공증 스크리닝 AI '오스테오시그널' 유통계약, 서울시와 공동 진행하는 '혈당캐치9988' 등으로 영역을 넓히지만, 매출 기여도는 확인되지 않아 지금은 매출보다 브랜드 확장 단계로 보는 게 정확하다.
가치함정(red) 해부 — 리베이트는 끝나지 않았고, 국세청이 다시 왔다
두 개의 리베이트 사안이 겹쳐 있다. 첫째는 2017년 적발 건이다. 식약처 과징금 처분에 불복해 행정소송을 이어갔지만 2025년 8월 대법원에서 처분이 적법하다는 판결이 확정됐고, 회사는 이를 수용해 2026년 4월 혁신형 제약기업 인증을 자진 반납했다. 둘째는 별개 건이다. 2022년 1월~2023년 12월 영업사원 130여명이 병·의원 380여곳을 상대로 리베이트를 제공했다는 공익신고가 2024년 국민권익위원회에 접수됐고, 최초 수사를 맡은 성남중원경찰서는 불입건 종결했다. 그런데 2026년 8월 경기남부경찰청이 이 종결 과정에서 수사 정보가 대웅제약 측에 유출됐을 가능성을 포착해 성남중원서를 공무상비밀누설 혐의로 두 차례(8월 10일·24일) 압수수색했다. 회사 연루가 확정된 것은 아니지만, 리베이트 사안이 끝나지 않고 수사 유착 의혹으로 번지고 있다는 뜻이다.
같은 시기 국세청도 움직였다. 서울지방국세청 조사4국이 2026년 7월 경기 화성 본사에 착수한 비정기(특별) 세무조사는, 관할 중부지방국세청이 아니라 기획조사를 담당하는 서울청 조사4국이 맡았다는 점에서 이례적이라는 평가가 나온다. 2010년(284억원)·2014년(124억원)·2018년(153억원)마다 거액을 추징당한 이력이 있고, 2024년 조사 후 400억원대를 추가로 냈다는 보도도 있다(회사는 부인) — 사실이면 앞서 짚은 2024년 순이익 급감과 맞물린다. 지배구조 신호도 방향이 같다. 2026년 상반기 총주주수익률(TSR)은 -31.7%인데 등기이사 1인당 평균 보수는 3억7,400만원으로 오히려 1.6% 늘었고, 국민연금은 2026년 3월 정기주총에서 자기주식 보유·처분을 자유롭게 하는 정관변경안에 반대표를 던졌다. 배당은 주당 600원으로 유지됐지만, 주가가 26% 넘게 빠진 해에 경영진 보수와 자사주 재량권만 늘었다는 조합은 가치함정 판정이 데이터로만 나온 게 아니라는 걸 보여준다.
리스크
위 세 갈래(리베이트·세무조사·수사 유착 의혹)가 동시 진행 중이라는 사실 자체가 가장 직접적인 리스크다. 두 번째는 나보타 미국 사업의 구조적 제약으로, 에볼루스가 메디톡스에 2032년까지 로열티를 지급하는 조건이 대웅제약 공급 조건에도 영향을 줄 수 있다고 에볼루스 스스로 공시했다. 세 번째는 정책 리스크로, 제네릭 약가 인하 추진과 세무조사 시점이 겹쳐 업계 마진 압박이 커지고 있고, 혁신형 제약기업 재인증 결과는 2026년 12월 나온다(현재 인증 없음). 네 번째는 펙수클루 공동판매 파트너 종근당과의 유통망 마찰 보도로, 구체적 내용은 확인되지 않는다.
종합
대웅제약은 나보타·펙수클루·엔블로라는, 국내 제약사 중에서도 드문 자체개발 신약 3종을 실제 매출과 수출로 증명하고 있는 회사다. 나보타 수출 비중 84%, 2분기 매출의 21%를 넘는 수출 기여도가 그 증거다. 그런데 PER 7.5배·PBR 1.48배는 이 성장을 온전히 반영한 저평가라기보다, 2017년부터 이어져 온 리베이트 사안이 세무조사·수사 유착 의혹으로 계속 번지는 데 대한 시장의 할인으로 읽는 편이 정직하다. 확인할 것은 세 가지다. 국세청 특별세무조사의 결과와 추징 규모, 성남중원서 수사정보 유출 의혹이 대웅제약 쪽으로 확대되는지 여부, 2024년 순이익 급감의 실제 원인이 세무 추납인지 공시로 확인되는 시점이다.
이 글은 밸류체인 플랫폼의 스크리너 판정과 공개 자료를 바탕으로 한 분석이며, 특정 종목의 매수·매도 권유가 아닙니다. 투자 판단과 책임은 투자자 본인에게 있습니다. 판정 근거와 실시간 수치는 플랫폼 기업 페이지에서 확인할 수 있습니다.
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